amount.pl:

#!/usr/bin/perl#################################################################################                  use for calculate the amount of w or not###################################################################################use warnings;use strict;use Getopt::Long;sub usage{    print STDOUT "use for calculate the amount of w or not\n";    print STDOUT "perl $0 -a prof -w character -n -c -r -cn -rn -h\n";    print STDOUT "\t-a str file to calculate, required\n";    print STDOUT "\t-w str character to search, required\n";    print STDOUT "\t-n calculate amount of not w\n";    print STDOUT "\t-c calculate by column\n";    print STDOUT "\t-r calculate by row\n";    print STDOUT "\t-cn the file contain colnames\n";    print STDOUT "\t-rn the file contain rownames\n";    print STDOUT "\t-h help info\n";    exit(1);}our ($opt_a, $opt_w, $opt_n, $opt_c, $opt_r, $opt_cn, $opt_rn, $opt_h);my (@total_c, @total_r, @seq);my ($i, $j, $cn);GetOptions("a:s" => \$opt_a,  # 指定文本           "w:s" => \$opt_w,  # 指定字符串           "n" => \$opt_n,  # 统计不是指定字符串的个数           "c" => \$opt_c,  # 按列统计           "r" => \$opt_r,  # 按行统计           "cn" => \$opt_cn,  # 指定文本有列名           "rn" => \$opt_rn,  # 指定文本有行名           "h" => \$opt_h);  # 帮助&usage unless(defined $opt_a && defined $opt_w);&usage unless($opt_c || $opt_r);&usage if($opt_h);if (defined $opt_c) {    open I, $opt_a or die "can not open $opt_a";    $cn =  if (defined $opt_cn);    $opt_rn = 0 if (!defined $opt_rn);    $j = 0;    while () {        chomp;        @seq = split/\t/;        $j = $#seq if ($#seq - $opt_rn > $j);        for ($i = $opt_rn; $i <= $#seq; ++$i) {            if (defined $opt_n) {                ++$total_c[$i - $opt_rn] if ($seq[$i] ne $opt_w);            } else {                ++$total_c[$i - $opt_rn] if ($seq[$i] eq $opt_w);            }        }    }    if (defined $cn) {        print $cn;        @seq = split /\t/, $cn;        print "\t" if ($seq[0] eq "");    }    $total_c[0] = 0 if (!defined $total_c[0]);    print "$total_c[0]";    for ($i = 1; $i <= $j - $opt_rn; ++$i) {        $total_c[$i] = 0 if (!defined $total_c[$i]);        print "\t$total_c[$i]";    }    print "\n";    close I;}if (defined $opt_r) {    open I, $opt_a or die "can not open $opt_a";    $cn =  if (defined $opt_cn);    $j = 0;    $opt_rn = 0 if (!defined $opt_rn);    while () {        chomp;        @seq = split/\t/;        $total_r[$j] = 0;        for ($i = $opt_rn; $i <= $#seq; ++$i) {            if (defined $opt_n) {                ++$total_r[$j] if ($seq[$i] ne $opt_w);            } else {                ++$total_r[$j] if ($seq[$i] eq $opt_w);            }        }        if ($opt_rn) {            print "$seq[0]\t$total_r[$j]\n";        } else {            print "$total_r[$j]\n";        }        ++$j;    }    close I;}